真珠層の断面を拡大して観察し、その構造を明らかにしよう。 真珠層はカルシウムの結晶がかさなった層状をなしている。一枚の結晶の厚みは約0.4ミクロン（1ミクロンは1000分の1ミリ）。仮に1ミリの真珠層を考えた場合、カルシウム結晶の薄膜の枚数は2500枚にも達する。この表面に光が当たると半透明の層の内部で『多層膜干渉』という現象がおこり、美しいピンク色の干渉色が生じる。 結晶と結晶のあいだには蛋白質があり接着の役割りをしているが、この中に色素が含まれていることがある（アコヤガイの場合は黄色、クロチョウガイは褐色）。ゴールド系やクロチョウガイのブラック系の真珠はこの色素の集積が色となって見えるものである。 また、真珠袋の細胞が真珠質を分泌する前に有機質を堆積させることがある。 ブルー系の真珠は真珠層の最低部の有機質が色となって見えたものである。 実際には�@光の干渉�A色素�B有機質 これらの要素が複雑に関連しあって真珠の色は決まる。したがって細かく分類すれば20通り以上の色が考えられるだろう。				真珠の表面を低倍率で観察すると指紋のような模様が見える。この模様は真珠層の成長のようすをあらわすもので、さらに拡大すると六角形の結晶が観察できる。